Ok me respondo a mi mismo

El arduino de acuerdo a las pruebas que realice con el presenta problemas con las rutinas de retardo especificamente el delay(), si esta se inserta en una rutina de interrupcion el programa se cuelga tal como ocurre en el problema que coloque arriba, asi que una solucion es no utilizar el delay(ms) dentro de una rutina de interrupcion.
No obstante si utilizan delayMicroseconds(), en vez de delay(), si les funcionara!

Les coloco el codigo de otro programa que realice y que funciona, utilizando interrupciones!
byte led1 = 2;
byte led2 = 3;
byte data = 0;
void setup()
{
Serial.begin(9600);
attachInterrupt(2,parpadeo,FALLING);
pinMode(led1,OUTPUT);
pinMode(led2,OUTPUT);
}
void loop()
{
digitalWrite(led2,HIGH);
delay(600);
digitalWrite(led2,LOW);
delay(600);
digitalWrite(led2,HIGH);
delay(600);
digitalWrite(led2,LOW);
delay(600);
}
void parpadeo()
{
if(Serial.available() > 0){
data = Serial.read();
Serial.println(data);
}
if(data == '1'){
digitalWrite(led1,1);
}
else if (data=='0'){
digitalWrite(led1,0);
}
else {}
}
y este que funciona con el delayMicroseconds()

byte led1 = 2;
byte led2 = 3;
byte data = 0;
void setup()
{
Serial.begin(9600);
attachInterrupt(2,parpadeo,FALLING);
pinMode(led1,OUTPUT);
pinMode(led2,OUTPUT);
}
void loop()
{
digitalWrite(led2,HIGH);
delay(600);
digitalWrite(led2,LOW);
delay(600);
digitalWrite(led2,HIGH);
delay(600);
digitalWrite(led2,LOW);
delay(600);
}
void parpadeo()
{
digitalWrite(led1,HIGH);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,LOW);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,HIGH);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,LOW);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,HIGH);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,LOW);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,HIGH);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,LOW);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,HIGH);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,LOW);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,HIGH);
delayMicroseconds(16000);
digitalWrite(led1,LOW);
delayMicroseconds(16000);
}
Saludos