Hola.
Como piensas cambiar el Duty Cicle del PWM en el PIC? con unos potenciometros?
Según lo que han comentado, sería bueno trabajar con un cristal de 20MHz ... tocaría con un 16F628A 16F88 o 16F873A ... porque en el 12F no alcanzarian los pines 
Si el valor del DC de los 2 PWM son el mismo valor, se podría generar un PWM mediante una interrupción de un Timer y el otro lo generas en el main, de esa manera puedes desfasar la señal del 2 PWM respecto a la primera con un delay.
Saludos
Hola:
Con este código consigo generar las dos señales pero sincronizadas. Ahora falta desfasarlas 200 useg y de momento no lo consigo utilizando la interrupción.
#include <12F629.h>
#fuses NOWDT,INTRC_IO,NOCPD,NOPROTECT,NOMCLR,NOPUT
#use fast_io(a)
#use delay(clock=4000000)
#int_TIMER0
void RTCC_isr(void)
{
output_high(PIN_A0);
output_high(PIN_A1);
delay_us(200);
set_timer0(210);
}
void main()
{
set_tris_a(0b111100);
setup_timer_0(RTCC_INTERNAL|RTCC_DIV_16);
enable_interrupts(INT_TIMER0);
enable_interrupts(GLOBAL);
do{
output_low(PIN_A0);
output_low(PIN_A1);
}while(1);
}
Un saludo
Aitor