Primero el Protool sirve para programar pantallas OP (Actualmente reemplazado, para las nuevas pantallas, por Wincc Flex)
El Scada de Siemens (Wincc) esta desarrollado para trabajar con los PLC Siemens (obiamente) sin necesidad de tener que instalar un OPC externo, pero tiene la flexibilidad de que con OPC´s puedas comunicarte con cualquier equipo (la comunicacion que mas se usa es MODBUS), pero puedes indagar sobre los OPC para los diferentes tipos de PLC.
Una vez que logres hacer funcionar los OPC el resto es programacion del SCADA
saludos