Yo siempre había usado un jumper para determinar por dónde venían los 5V y dejado las tierras unidas... pero ahora tengo que ahorrar espacio y hasta el jumper me molesta.
Igual que Nocturno, creo que seguramente funcionaría bien el esquema que puse inicialmente porque la comunicación es diferencial y permite ciertos desplazamientos en la tierra (offset).
Mejor que el transistor se me ocurre que podría ser un simple diodo como en este ejemplo. Yo no necesitaría el puente rectificador porque no hay posibilidad de que se invierta la polaridad en el DC Jack, así que simplemente conectaría los 5V del USB a los 5V del DC Jack a través de un diodo. Si hay tensión a través del jack, no circularía corriente desde el USB siempre que la diferencia entre ambas no superase los 0.7V... quizás por seguridad (quiero usar un cargador de móvil para la alimentación y aunque en la placa pone salida 5V he medido con el multímetro hasta 6V en circuito abierto), convendría también poner un Zener 5v1 entre la entrada del Jack y tierra. Pero claro un diodo + un zener ya ocupa lo mismo que el jumper...