En cuanto a la altura, no molestan en absoluto; quedan al mismo ras que las pistas.
Respecto a si están o no cubiertas por la solder mask, depende de si tú lo quieres así o no. En Altium, por defecto, aparecen sin cubrir, pero puedes activarles las propiedades "Force complete tenting on top / bottom" para que queden cubiertas.
Si tienes dudas de si las vías están o no cubiertas, puedes ver la placa en 3D y saldrán con la solder mask sólo las que tengan la propiedad mencionada activa.