He probado la tecnica que decis mas arriba para que solo se ruteen los pads por la cara top o por la cara bottom y no hay manera, siguen routeandose por ambas caras, no se cual es el problema.
Lo primero creo la clase de los pads, en mi caso los incluyo todos porque quiero soldar por la cara de abajo todo ya que no hay ningun componente smd.

Luego creo la regla clearance tal y como lo has puesto, la foto es de una prueba que hice con la bottom pero tambien lo he hecho con la top obteniendo el mismo resultado, en la foto aparecen dos clearances pero para asegurarme puse las mismas reglas en ambas clearances.

y finalmente routeo automatico con la opcion default tw layer board, y el resultado obtenido es el siguiente:

una placa que une los pads tanto en top como en bottom, se os ocurre alguna solucion?