Muchas gracias a todos por vuestras respuestas, ya se ha solucionado, era una placa pequeñita volvi a empezar y todo arreglado.
Despues de mucho pensarmelo, me he decidido y voy a hacer las placas como es debido, es decir haciendo primero el esquematico y luego realizando el autoruteado.
Pues bien despues de todo el fin de semana organizando mis librerias, creando los dibujos de los componentes para el esquematico y luego asignadoles los footprint correspondientes, me encuentro que realizo el primer autoruteado y las pistas se cruzan, vamos de debo tener como 10 12 cortocircuitos en la placa.
Alguien sabe como podria solucionar esto?