Yo siempre que tuve que poner puentes lo tuve que hacer manualmente despues del auto-routeado,, hay unos componentes que se llaman LINK sino me equivoco.
Si te fijas tiene 2 pines,, pero ambos tienen el mismo numero.. tienen pads grandes,, lo cual lo que hice fue tomar el modelo y hacer otros de mi gusto, con pads mas chicos y diferentes tamaños
La otra es poner el puente y luego tirar el autoruteo pero no es lo mismo xD,,