Hola! Hice todas las pruebas que alguien puede hacer jaja Le agregue el rc y empezo a funcionar mas fluido pero seguia calentando.
Resulta ser que el consumo del motor es de 1.7 Amp por fase, alimentandolo con 12 Volts, al tener dos fases, la potencia que debìa disipar el integrado era cerca de 40 W, mientras que el encapsulado admite solo 25 w, lo que hice es bajar la tension a 5 volts, bajando la potencia. Claramente perdi torque, pero no era estrictamente necesario.
Muchas Gracias por su preocupación y sus soluciones, quedó funcionando el motor perfectamente!