Dani, si lo tenias configurado a 1/8 y lo cambiaste a 1/2 deberias haber dividido entre 4.
Ese valor significa cuntos pulsos son necesarios para avanzar 1mm.
Teniendo una varilla roscada de 1,5mm de paso, es decir avanza 1,5mm por vuelta. Una vuelta son 200 pulsos normalmente, pero has configurados medios pasos (1/2 step), por lo que necitas 400 pulsos para dar una vuelta, y eso avanza 1,5mm. A mach le tenemos que indicar cuantos pasos se necesitan para avanzar 1mm, por lo que simple regla de 3:
1,5mm --> 400pasos
1mm --> X pasos
1*400/1,5 = 266,666
De esta manera las profundidades seran correctas
Si ves que sigues teniendo problemas con el eje z probaria bajarle la velocidad de 800 a 400, y la aceleracion de 100 a 50...