Hola, para que no tengas problemas con los timer te sugiero uses el timer2, ese se resetea automaticamente por hardware sin consumir ciclos de codigo (que hacen que el tiempo seteado no sea exacto), y en la interrupcion del timer haces el conteo de ticks y lograras el segundo que deseas.
Por ejemplo para el pic16f88 seteas asi:
cristal: 4Mhz
presaler: 4
postacler: 10
y el timer lo seteas a 249
obtendras un tick de 10 ms, haces una suma de 100 ticks y ya tienes el segundo exactito.
espero te sea util.
saludos