mmm pues fijate que no lo habia tratado de forma global, prefiero hacerlo para cada componente, para los componentes mas utilizados resulta cómodo porque siempre uso los mismos en todo el pcb.
Estaba viendo lo de hacerlo en forma global, y lo ensayé asi:
en la ventana del Board ve a la parte superior y busca "Tools", ahi das click en "DRC...". Para el tamaño del drill te diriges a la pestaña "sizes" y ahi en el segundo campo encuentras "Minimum drill".
Para lo forma del pad, te diriges a la pestaña "shapes", ahi encuentras los campos Top y Bottom que por defecto esta "As in library" (es decir,como estan en la libreria) cambialos a la forma que estan disponibles.
Cuando cambié el tamaño del drill no se me cambiaron todos los drills.