muchas veces hasta es mejor trabajar con el CCS integrado en MPLAB, por ejemplo cuando simulas circuitos con proteus y CCS, este solo te permite 28kb de codigo, mientras que con CCS y PROTEUS integrado en MPLAB trabaja hasta los bytes que quieras, lo unico q es un poco mas lento.
Con el pickit3 puedes depurar codigo tambien, cre que la diferencia radica en la cantidad de breakpoint que puedes poner en el codigo durante la depuracion.
Sinceramente no le veo necesidad de comprar un ICD3 si con un Pickit3 puedes programar todos los PIC.