Yo tengo ambos, y es difícil compararlos.
Estaría mas de acuerdo con lo que dice Merlinz, sobre que Pickit3 es mas una herramienta para hobby, y el ICD3 es mas profesional.
Cuidado, nadie es Profesional por el solo hecho de tener uno, je..je..!!

Yo uso el ICD3 integrado al entorno de CCS, y es muy rápido programando y haciendo debug, mientras el Pickit3 no esta considerado para trabajar en ese entorno.
Las opciones del Pickit3 respecto a su antecesor son menores, por ejemplo, no puede (espero que solo sea por ahora) hacer debug de puertos seriales, en los buses I2C y SPI, como tenia el anterior.
De todos modos, tiene soporte para todas las nuevas lineas de PICs que vayan saliendo, mientras el anterior no las tenia.
En definitiva, si vas a trabajar desde Mplab, programar y hacer debug simple, usa el Pickit3.
Si en cambio necesitas mas opciones de integración, mas puntos de inspección para el debug, y mucha velocidad, desembolsa la diferencia y compra un ICD3.
