En ocasiones rutear una placa por un solo lado es, simplemente, imposible porque las pistas necesariamente se cortan unas con otras. No es un problema de mejorar el ruteado automático.
Ares no genera puentes automáticamente. Porque usar puentes no sería otra cosa que una placa a dos caras donde una de ellas la trazamos con hilos en lugar de con pistas. Además, hoy día prácticamente el costo de hacer placas a una o dos caras es el mismo. Ya sé que cuando hacemos placas manualmente en casa es más fácil hacerlas a una única cara, pero Ares está pensado como una herramienta profesional y no como una herramienta casera.
Puedes rutear la placa por una cara y consturir tú los puentes para las conexiones que quedan a mano. Para ello una vez hecha la placa a una cara activa la opción de dos caras y genera tu las pistas pasando de una cara a otra con un doble click del ratón. Como se genera una vía y se pasa al otro lado, ya tienes el puente hecho.
Espero que te sirva.