hola,
si no quieres complicarte la vida puedes formatearla en FAT32 y podrías llegar usar tarjetas de hasta 32GB (incluso más, pero se desperdicia demasiado espacio por el tamaño del cluster). Si te gustan los retos puedes intentar usar formatos como ext2 o ext3 que aprovechan mejor el espacio, pero por contra son más complicados de manejar con un microcontrolador.
Un saludo.