Vale, creo que ya se lo que te puede estar ocurriendo.
Yo trabajo con componentes SMD, tú supongo que estás usando componentes thru hole, en ese caso los pads están en ambas caras en la capa "Pads", y la serigrafía en las capas "tPlace" y "bPlace", además los componentes no cambian de color (solo en los SMD). En ese caso activar o desactivar las capas Top y Bottom, solo visualiza o no, las pistas.
Al hacerle un mirror a un componente thru hole, las patitas del componente se invierten, también la serigrafía, nombres y valores de cada componente, verás que el nombre del componente y su valor salen impresos al revés en pantalla, si editas el componente verás que tiene marcada la casilla "Mirror". Realmente hacerle un mirror a un componente simétrico, como podría ser una resistencia o un condensador, no tiene mayor trascendencia (salvo la impresión de la serigrafía), en la práctica podrás luego soldarlo en ambas caras, muy distinto será hacerle un mirror a un integrado o a un conector con 2 ó más filas.
A simple vista, lo único que indica que a un componente thru hole se le ha hecho un mirror, es que el nombre y valor salen al revés, en pantalla.