no he dicho de juntar los dos, sino que como el programador ATAVRISP2 soporta Atmel Studio y Codevision no, me refiero que pues hacer Emular y Simular con claro compilando con Codevision, Codevision no es gratuito pero Atmel Studio con WinAVR (GCC) no es nada facil, al menos para mi.
Arduino no es una Herramienta profesional y te recomendaria un Micro con muchos mas periferico que la targeta Arduino y te la hace tu solo, yo mismo me he hecho con el Atmega32 mi propia targeta pero para experimentar como tu Dice,LED.LCD,Botones,UART y USB, pero como te decia ante, yo uso BascomAVR muy diferente Codevision y Atmel Studio.
Saludos