¿ Porqué necesitas tocar a mano los makefiles ?
En Eclipse tienes una opción para que se generen automáticamente, yo en las pruebas que llevo hechas no he tenido la necesidad de crer o modificar los makefiles, de eso se encarga Eclipse. Lo único que necesita, al menos para ARM C/C++, es tener instalado el plugin GNU ARM C/C++ Development Support.
Si es para otro entorno de hard-soft, seguro que habrá también algún plugin.