no soy experto en ccs, pero he usado varias veces el adc del 12f675 y he tenido problemas que no pude resolver, he tenido que programar en xc8 para que funcione. esperemos que este no sea el caso.
yo probaría aumentar el tiempo que pones despues de cambiar de puerto adc, a 1mseg, por las dudas.
veo tambien un problema típico de comparacion de lectura de sensores y es no poner una pequeña histeresis. imaginate que cuando la temp. esta cerca del valor del pote pequeñas varkaciones en la lectura del adc harán que una vez la comparacion de a mayir que b y la proxima a la inversa, así varias veces. con el delay de 2seg puede que eso se solucione o puede que no. fijate que abajo tenes un delay de 200mseg nada mas.
para ver porqué el ventilador comienza funcionando deberiamos ver el esquemático, quiza tu transistor este como inversor... por las dudas, postea el codigo completo del micro y el esquemático, aunque sea a mano y escaneado o una foto....
saludos!