Hola QIQE!,
ha leido el Datasheet del Atmega168? el ese Atmega tiene 6 puerto PWM que son
PuertoD.3 (PCINT19/OC2B/INT1)
PuertoD.5 (PCINT21/OC0B/T1)
PuertoD.6 (PCINT22/OC0A/AIN0)
PuertoB.1 (OC1A/PCINT1)
Puertob.2 (SS/OC1B/PCINT2)
Puertob.3 (MOSI/OC2A/PCINT3)
Cuando configura asi:
DDRD=0b01100000;//Puerto
// ||||||||___
// |||||||____
// ||||||_____
// |||||______
// ||||_______
// |||________ PWM1
// ||_________ PWM2
// |__________
//PORTD=0b00000111; //Activo los pull-ups
no puedo ayudarte muchos porque yo de GGC no se muchos.
yo en tu lugar probaria sin activar la Pulldown, aunque si no tiene muchas experiencia, te recomiendo que haga un Test solo usando los PWM, juega con ellos, asi aprendi yo, pero en Basic, yo uso BASCOM-AVR.
Mirar este ejemplo por aqui
http://www.protostack.com/blog/2011/06/atmega168a-pulse-width-modulation-pwm/Saludos