Uno que posea UART (al menos por lo que lei "In principle, HC-06 can work when UART_TXD, UART_RXD, VCC and GND are connected".), la mayoria los tienen tienen, PIC16F628,o PIC16F887 ( por que tiene 40 pines si necesitas muchas salidas ) tambien si tenes pensado mas tarde hacer uso del USB los 18F2550 o 4550 son los mas conocidos, en si depende de la cantidad de pines que quieras o los perifericos que quieras eso ya pasa mas por tu decision, al igual que la frencuencia de trabajo.
Luego imagino vas a tener que tener un RTCC, algunos PICs traen uno de estos (los 24F ya estos son de 16bits y no de 8bits, y algunos 18F), lo unico que tenes que agregar es un cristal externo de 32768Hz , sino un RTCC y veras la forma de comunicarte con el mismo I2C, etc. Los RTCC externos poseen una linea para una bateria asi siguen contando a pesar que los desconectas, no se si los PICs tiene una linea de bateria como estos. Por ahi imagino que si pero no conosco alguno o trabaje con alguno.
Ahora si no te interesa que sea "exacto" o masomenos exacto, entonces haces usos de timers, buscaria alguno que tenga al menos un timer de 16bits asi es mas facil de hacerlo, la precision dependera de tu oscilador.
Vas a renegar mas intentando comunicarte con los modulos que el programa en si parece xD.