Tenes que diseñar 4 PCBs que posean conectores en los lugares que vos quieras.
Haces una placa con conectores hembras y lo posicionas en un lugar especifico,
Luego diseñas otra placa con esa misma distribucion de conectores ( pero con conectores machos).
Es el mismo caso que muestra tu foto, la placa base tiene 2 hileras de conectores hembras, la placa que va encima tiene 2 hileras de conectores machos, ambas con la misma distancia, con lo que se van a conectar perfectamente. Ademas a no ser que sea para un protocolo donde podes agregar muchos dispositivos, no tiene mucho sentido seguir llevando tantos pines hacia niveles superiores.