1- Depende de la distancia entre micros, si estan en una misma placa o en un rango corto mi decisión personal seria la de usar SPI. Pero tambien podes usar I2C todo depende de la cantidad y velocidad de datos. Lo digo por que algunos micros soportan I2C como maximo de 400Khz, y algunos otros hasta 1Mhz con algunas consideraciones.
2- No deberias, por ejemplo el modulo bluetooth usa UART, y la EEPROM depende de que bus use (algunos micros PIC16F tienen 2 SPI,2 USART, 2 I2C ) puede ser una con I2C si no te restringe mucho la velocidad, es necesario una EEPROM externa o un micro con EEPROM bastaria? ( Acordate que con I2C podes colgar varios dispositivos de los mismos hilos, con un I2C podes manejar varios modulos externos )
3- Los protocolos son esos, por lo cual no van a cambiar de 8 a 16 o 32 bits y mas si usas de la misma empresa, lo que si puede variar la velocidad de ambos dispositivos, con lo cual la velocidad mas lenta va a predominar.