despues de habilitar todos los layer puedes usar el "Rastnets" esta en la barra de herramientas del lado izquierdo, ahí deberías poder ver todo. Si también dispones del archivo .sch puedes ir a el y usar la herramienta "show" (que parece un ojito verde) y tocar dos veces directamente en GND o VCC , lo que sea que toques tomará un color mas resaltado que los demás y lo mismo observaras en el .brd
PD. Uso el background de eagle en color negro, es mas fácil diferencias los colores