Es lo mismo que trough hole excepto que pones componentes SMD...
Los footprints los tenes, solo tenes que buscarlos. Imagino que estaran por sus temaños o usa el de otro componente con el tamaño que deseas.
De todas formas veo que estas escribiendo en otro lado y te estan respondiendo ahi. Asi que mejor continua en un hilo.
Si tu problema es el autorouter limitalo a una sola capa, sino hacelo vos mismo a los caminos.