Con respecto al cambio de logica:
En ves de poner la resistencia en en el colector, la pones entre el emisor y GND, y tomas la salida de entre el emisor y la resistencia
Imagen de referencia sacada de internet (asi que no le prestes atencion a los valores):

cuadno presiones el transitor conducira y vas a tener (5V - la caida de tencion VCE) a la salida. y cuando soltes el transistor esta en circuito abierto dejando 0V.
Y como dice Fer_TACA y aca puse algo parecido deberia de tener casi 5V de salida. vuelvo a preguntar por q no me respondiste antes, con que tension estas alimentando el diodo de entrada ? y que valor de resistencia estas usando ?
EDIT: la caida maxima de VCE en saturacion es de 0.3V con una Ic = 0.5mA, If=10mA, Ib = 0