La cosa es muy sencilla, antes de empezar tu programa debes ir a la zona de configuración del pic que vas a utilizar y seleccionar que pretendes utilizar: oscilador externo o interno, frecuencia, si usas el reset, el wdt, ........ Todo eso se realiza activando una casilla y según las activas/desactivas el IDE calcula internamente el valor y ese es el valor que pone al inicio y que tu veias distinto.
Por ejemplo una de la diferencia entre cuando te funcionaba o no, es que tenias seleccionados distintos valores de frecuencia 12Mhz y luego 4MHz. Por lo que algo has cambiado en la configuración.
Si el IDE tuviera un bug, le tendría siempre y no unas veces si y otras no.
