Hola PicMinor, para leer datos desde un pen drive tienes que hacer una comunicacion USB MSD (Mass Storage Device), si ya sabes leer tarjetas SD con FAT32 tienes la mitad del trabajo hecho en esta nota de aplicación de microchip te explica detalladamente como hacerlo.
http://www.t-es-t.hu/download/microchip/an1003a.pdfSi estas usando PIC32 tambien puedes optar por las Harmony y su generador de código, pero ya sabes, revisa el codigo y no te fies

Un saludo.
PD: No puedo entrar en microchip para pasarte los ejemplos de MSD

no me deja entrar. pero si entras tu y buscas los ejemplos de USB MSD los encontraras sin problemas, tambien puedes revisar, los ejemplos para bootloader de pic en concreto el bootloader con USB que utiliza las librerias de FAT de de mass storage device,
http://ww1.microchip.com/downloads/en/AppNotes/01388B.pdfcomo te digo no puedo entrar en microchip, pero puedes descargarte tu mismo los ejemplos de codigo.
un saludo