El manejarse bien con el .htaccess es imprescindible para instalar ciertos paquetes CMS como Joomla.
En ocasiones también es necesario tener acceso al php.ini, aunque actualmente muchos proveedores de hosting te permiten parametrizar desde el panel de control e incluso seleccionar entre varias versiones de PHP, y si es posible tener acceso a la configuración de PHP para que funcione como CGI o proceso de Apache, aunque a esto último solo se suele tener acceso en un server dedicado.
Precisamente estos dos últimos días me he estado dando de cabezazos para poner en marcha una web mezcla de PhPNuke y Oscommerce, que funcionó perfectamente durante 8 años en un dedicado con Centos y PHP 5.3.29, y al pasarla a un compartido hacía aguas por todos los lados. Al final el problema estaba es una serie de arrays de variables que estaban obsoletos, e impedian el traspaso de parámetros entre páginas con GET y POST, una locura hasta que lo he averiguado, y me ha tocado cambiar 5 instrucciones en cientos de fuentes. Ahora ya va bien, más lentito al ser un compartido, pero funciona. Las famosas variables predefinidas obsoletas son $HTTP_GET_VARS, $HTTP_POST_VARS, $HTTP_COOKIE_VARS, $HTTP_SERVER_VARS y $HTTP_ENV_VARS, por si alguien se encuentra en la misma situación, para que no se vuelva loco, yo casí me doy por vencido.
Y hablando del .htaccess, he recordado que yo lo utilicé para proteger con una contraseña el acceso al directorio de Administración en Joomla, muy efectivo para evitar a los hackers, de esa manera aparte del usuario/contraseña que pide Joomla, había una segunda contraseña para acceso al directorio y esa estaba en el .htaccess