Hola, hasta donde sé los compiladores sólo corrigen errores de sintaxis, no de lógica, el compilador no sabe que quieres hacer y si tu en lugar de encender un pin enciendes otro o pones el tiempo que no es, etc, sólo lo detectará un humano no una computadora.
Puedes crear el programa en CCS o crearlo el MplabX y compilarlo con CCS, al compilarlo en ambas plataformas se crea un archivo .hex o .cof, este es el archivo que cargaras al PIC en Proteus para que te simule el programa, si pones el .cof al dar pause podrás depurar paso a paso el programa, pues, te saldrá una ventana con el programa y con F10 ó F11 podrás irlo corriendo.
Saludos.