Si, hay bastantes PCBs de Arduino, unas más "grandes" y otras más "pequeñas".
En este caso, cuando empezó el proyecto de ardupilot, se empleó una Arduino Mega con una shield de sensores (brújula, acelerómetro, giroscopio, gps...) para poder tener un sistema IMU.
Cuando el proyecto fue avanzando, se diseñó su propia PCB (con el mismo uC que la Mega) para evitar estar usando una Arduino Mega más una shield.
El proyecto, de todas formas, se seguía desarrollando con el "IDE" de Arduino.
Más tarde, cuando el micro (Atmega) se quedó corto de memoria, se pasó a usar un micro de ST (cortex m4) con más memoria, velocidad y prestaciones. El código se portó a traves de unas APIs y capas HAL.
De todas formas, la PCB conocida como APM sigue siendo muy utilizada por su relación de bajo precio y buenas prestaciones. Incluye servicios como el return to home, autodespegue y autoaterrizaje, vuelo autónomo entre waypoints, telemetría, control desde PC, diferentes tipo de vuelos manuales, etc.
Los nuevos servicios o características ya no se implementan para la APM por falta de memoria, pero si una persona quiere prácticar y hacerse su propio FW/SW para un UAV, con ella tendría para trastear una buena temporada.
Espero, con este mensaje, haber ayudado a aclarar un poco el tema de por qué he dicho que sí se puede hacer con Arduino; pues ya se ha hecho. No quiero decir que sea la mejor forma de hacerlo, está claro que existen hardwares más ponentes que un Atmega de 8 bits, pero es una posibilidad.
Tampoco quiero desvirtuar el tema con una discusión de Arduino sí o Arduino no, que no es el asunto principal a tratar.
Un saludo!