Yo estoy con DominusDRR, vengo usando desde hace años los PIC32MX, y sin problemas, funcionan de categoría, ninguna queja. Todavía no he tenido tiempo de probar en profundidad Harmony, pero con las MLA, que todavía están disponibles tienes un muy buen pack de librerías para hacer de casi todo.
Lo único que no me gusta de Microchip, es que sus placas de evaluación son carísimas, y también sus compiladores. Justo todo lo contrario ocurre con los ARM STM32, placas a precio de ganga y entorno de desarrollo 100% gratuito para C/C++.