Hola allennet.
Hay simuladores de circuitos libres y para linux, el mejor en mi opinión es KtechLab, pero sinceramente no se acerca ni de lejos a proteus, hay mas por si quieres buscarlos pero no son gran cosa. También hay alguno en la distribución linux especializada para ingeniería electrónica basado en fedora, electronic lab. Pero prefiero instalar el paquete o los programas en ubuntu o alguna distribución basada en esta o debían con repositorios apt.
En la hoja de ruta de desarrollo de KiCad esta incluir un simulador de circuitos bastante bueno, similar a proteus (esperemos que mejor

) pero no creo que lo veamos a corto plazo, mas bien a medio-largo plazo, Porque aun no han empezado a desarrollar ese modulo.
Mientras tanto yo utilizo la versión de evaluación de proteus 8 con vine o en window directamente.
Pero espero con ansias que se incluya el simulador en KiCad.
Un saludo.