De nuevo a la carga con la variable de entorno....
En Ubuntu con KDE funcionó bien, pero no en Debian 7 con XFCE.
Lo que no he probado todavía, que lo vi a última hora ayer, es una opción en el menú de PCBNEW, en PREFERNECES ->CONFIGURE PATHS en el que se le pueden añadir variables (están por defecto KIGITHUB, que es la que utiliza para las librerías online y KISYSMOD, la que utiliza para las que instala kicad)
Seguramente sea mejor añadirlas por esta via.
En cuanto lo prueba os lo confirmo.
Puedes utilizar KISYSMOD como tu quieras.
En mi caso que solo utilizo las mías, esa variable guarda la ruta a mi carpeta de siluetas.
De la misma forma, KISYS3DMOD, apunta, en mi caso, a mis modelos 3D.
Incluso llevo KiCad instalado en una memoria USB y lo ejecuto, en Windows, a través de un archivo por lotes, con el siguiente contenido:
KiCad.bat
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SET CALLDIR=%CD%
SET KISYSMOD=P:\Elektronika\KiCAD Libraries\Modules
SET KISYS3DMOD=P:\Elektronika\KiCAD Libraries\Modules
SET KICAD=P:\Elektronika\KiCad\bin
start bin\kicad.exe
REM Back to the original directory for a sane exit
cd %CALLDIR%
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Así no tengo que modificar el sistema en el que lo ejecuto (esto no es del todo cierto ya que KiCad crea la tabla de librerías en la carpeta de datos del propietario de la sesión).