Hola RodrigoAndres, si no puedes quitar el ruido de "fondo", entonces amplifica la señal a medir. De esta manera no consigues una solución, pero la diferencia entre ambos será mucho mayor y no te molestaría tanto en la lectura de señales.
Por otro lado, no creo que una placa de audio de PC, de manera estandar sea muy apta para señales de frecuencias menores a los 20Hz, por lo que esa señal de 0.1 Hz dudo que sea ni siquiera una aproximación de la señal real.
Un saludo.
Atte. CARLOS.