Creo que te estas confundiendo.
El circuito que se crea por fuera del microcontrolador, se hace muchas veces para adaptar una señal a otra, la cual pueda ser usada por el microcontrolador en el caso de una entrada, y si es una salida, es intentar de hacer lo contrario, es decir que la señal provista por el microcontrolador pueda activar lo que vos desees.
El ejemplo que das carece de demasiado sentido, por que no se sabe que son los pines 5/7 y 9, o cual es el objetivo del circuito exterior.
1 - ¿Variando la programación del microcontrolador varía el circuito que se va a crear o es un estandar?
No, no es un estandar y si va a variar el circuito, pero va a variar dependiendo de lo que queres hacer. Supongamos un caso simple, en el que tengo que encender un led, el microcontrolador puede manejar esa corriente, asi que solo necesitaria un led + una resistencia (que limite la corriente) y listo. Ahora si tengo que accionar un rele tengo un problema, por que el microcontrlador no puede manejar esa cantidad de corriente y correrias el riesgo de quemarlo o que ni siquiera active el rele, por eso se usa un transistor en el cual al inyectarle una pequeña corriente en la base, en el colector podrias manejar una corriente mucho mayor. Por esto vas a ver que la mayoria de los circuitos usan estos.
Pero aca hablamos de accionar algo, que tal si quisieramos sacar una señal analogica pero con una salida digital ( que solo tiene 0V o VDD ) se podria encender y apagar esta muy rapido, y variando el tiempo de encendido ( PWM ) seguiriamos teniendo una señal digital, pero con el debido circuito externo como lo seria un pasabajo ( resitencia + capacitor ) podrias tener una salida analogica y que depende del tiempo de encendido que le hayas dado.
Si luego esa salida necesita corriente, tal ves necesites de un amplificador, etc. Es decir estamos transformado una salida que tiene una forma de señal en otra que nos sirve.
2 - ¿Cómo saben qué valores deben tener los componentes a utilizar?
Estos se deben calcular. El ejemplo mas simple es el del led. Si por ejemlpo el microcontrolador se alimenta con 5V seguro que en un pin de salida tendrias casi 5V. Si quisieras calcular la resistencia, te encontrarias que de esos 5V supongamos 2V usa el diodo led ( cada color tiene su propia caida de tension), entonces caerian 3V en la resistencia, Ahora el diodo necesita como maximo 20mA, por ley de ohm tenes que 3V/20mA es 150ohms, que seria la resitencias que deberias poner para que pasen 20mA por el diodo.
Esto no se queda aca, el puerto tiene un limite de corriente, y tal ves vos pensas poner 8 diodos con 20mA pero tal ves el maximo es de 100mA por puerto, entonces vas a tener que bajar esa corriente, o tal ves utilizar una especie de buffer o amplificador (como en el caso del rele) para que el micro no sea el que maneje esa gran cantidad de corriente.
