El sensor de humedad es una simple resistencia ? O da una voltaje de salida? Si es asi se puede usar el ADC y no incorporar el 555. Y simplificaria muchisimo la operacion
Si aun asi quisieras seguir por ese camino de contar los pulsos, entonces tenes 2 formas:
1era-
poner la entrada en el pin designado para el Timer1, configurarlo para que reciba pulsos externos.
Eso va a aumentar en 1 por cada pulso que llegue, el problema es que necesitamos ahora un espacio de tiempo. Por lo cual vas a necesitar de otro timer y configurarlo para que cada X segundos tome el valor y lo procese.
Supongamos que el pulso entra directo, es decir con preescaler 1:1, Y que tenemos otro timer que cada 200ms activa una interrupcion en la cual leemos el Timer1 y lo ponemos a 0.
Ese valor multiplicado por 5 seria tu frecuencia.
Un poco complicado y poco preciso. Ademas 2 timers solo para eso
2da-
Usar el CCP, en modo capture, El timer1 que reciba la señal del oscilador,
Supongo que medimos la parte en alto. Comenzariamos con el CCP configurado en flanco ascendente, entra a la interrupcion del CCP guardamos el valor que se copio del Timer1 que ahora estan en los registros del CCP. Cuando entre nuevamente, usamos el nuevo valor guardado por el CCP y el valor que guardamos antes. La diferencia es el tiempo entre los 2 flancos o todo un ciclo o lo que es igual a la cantidad de ciclos de instrucciones * Preescaler. Asi conoces el periodo de la señal, y por ende la frecuencia.
Uso timer y CCP, y mas simple de realizar.