Una cosa muy importante en este caso es que no olvides que la señal de muestreo de cada encoder, sea varias veces superior a la maxima velocidad de las señales de los encoders, o perderas pulsos y no te valdra de nada tener encoders.
Y si ademas los pulsos de los encoders tienen velocidad variable, se te complica todo un monton, ya que es dificil saber si al muestrearlo todavia recibes la señal de un impulso ya leido o de uno nuevo.
Resumiendo, lo mejor seria leer cada encoder por separado y si cada uno tiene su propia interrupcion, mejor.
Saludos.