Gracias por las respuestas, el tema de integridad de señal en los pcbs es algo que tengo que estudiar ya que no lo comprendo bien y he de sacar un rato para ello.
En este caso estoy usando una placa china de la que no tengo información a nivel de datasheet, ésta en concreto:

Lo que si he visto es una breakout board para esa placa en la que está disponible su esquema:

y en la que veo que para sacar los pines de ethernet de esa placa al exterior hacen lo siguiente.
Esquema de la breakout board antertior:

que es el esquema que he copiado yo en mi esquemático para añadir el conector ethernet, si miro el layout de la placa anterior encuentro lo siguiente, pares ethernet iluminados:

Lo han hecho en un pcb de dos layers, por lo que ahí no va a haber la impedancia que requiere ethernet, y además han metido hasta vías en los pares ethernet, por lo que seguir ese diseño como referencia no da mucha confianda... es ethernet a 100. Las resistencias de su esquema R3, R4, R5 y R6 las ponen al lado del conector ethernet, supongo que en la placa que se pincha ahí también llevará resistencias de terminación en la parte del phy.
TCT y RTC a AVDD y le pones un condensador de desacople de 10nF a cada pin. AVDD a VDD(3.3V) a través de una ferrita. Las resistencias que pone el esquema no son terminaciones. Las terminaciones de 50ohm (ó 49.9R) van a AVDD. Las terminaciones tienen que ir muy cerca del chip PHY; si tienes un módulo lo más probable es que ya vayan dentro del módulo.
Saludos!
En mi esquema inicial:

R5 va conectada a los centrales (lo he desconectado en la imagen para no confundir) y dejar la opción en el pcb de alimentar los centrales como dices, desde 3V3 a través de una ferrita, pero en el esquema de la placa que he encontrado los conectan a tierra.
Cuál es el motivo de conectar los centrales de los transformafdores del magjack a 3v3 y no a tierra?
Las resistencias que pongo en mi esquema (copiado del suyo) no son de terminación?
Según leo un par diferencial se termina en el far end (el punto más lejano del driver de la señal) de la siguiente manera:

Y si queremos eliminar ruido en modo común del par diferencial la terminación en el far end sería la siguiente:

que es similar a lo que tengo en su esquema, dos resistencias entre los pares diferenciales de 50 ohmios, conectadas en su punto medio a tierra mediante un condensador.
Si hablamos de terminación en el far end el par RX las resistencias se colocan cerca de la placa ya que el transformador genera la señal, y las resistencias del par TX se colocan cerca del magjack ya que la placa genera la señal? porque las resistencias de terminación de ambos pares se colocan cerca del phy?
No sé si mezclo conceptos, ya que esas imagenes que pongo pueden referirse a una entrada en alta impedancia que recibe la señal del par diferencial y no a un transformador como el que encontramos en el magjack?
Por qué se deberían conectar las resistencias de terminación a 3v3 y no a tierra?
Esto es un tema que tengo que mirar, pero para este pcb no me da tiempo ya que tengo que mandar a fabricar la semana que viene x_x por lo que para asegurar puedo dejar todas las opciones posibles a montar en el pcb, y ver a qué precio se puede comprar instrumentación para poder estudiar estas cosas.
Gracias por las respuestas.
Saludos.