Lo que te puede suceder es que si las conexiones de los de la capa TOP van justo a las conexiones de los que tienes en la cara BOTOM, pues las líneas de conexión de punto a punto son muy cortas y te quedan justo en el centro de los pads de los componentes y como son muy pequeñas pues no las ves.
Pero estar están, si no prueba a desplazar alguno de los componentes y veras como te aparecen.