Te aconsejo que utilices el PIC16F88. Más barato, más potente, más actual.
Respecto al lenguaje, la mayoría trabajamos en c. Es el lenguaje en el que mejor te podemos ayudar. Además es más profesional y mucho más potente. Te recomiendo que aprendas.
El problema que tienes puedes solucionarlo con un timer. Puedes utilizar un timer para generar interrupciones cada milisegundo y luego contar los milisegundos en la interrupción.
Si te resulta todo difícil, te recomiendo que te pases al Arduino. Es una placa completa (con programador incluído) barata y con mucha documentación para principiantes. Además se programa en c, pero tiene muchas ayudas para hacerlo más sencillo.
Por ejemplo en Arduino ya existe la función millis() que te devuelve los milisegundos desde que se encendió la placa.
Un saludo.