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Pues yo prefiero que el programador alimente al micro, como lo hace Pickit3 o ST-Link V2. Pickit3 además te permite seleccionar el voltaje de alimentación desde MPLAB.
Si monto placas con los Kinetis, no quiero tener que estar alimentando cada placa con una fuente externa para poder programar el micro, no me parece cómodo. El clon chino del Jlink V8, para mi es perfecto, si el original no funcionaba así, lo habrán tocado los chinos, sabia decisión.
Hay una opción para alimentar el micro desde el Jlink original, es poner un pin para alimentar la placa con 5v, el Jlink si puede proporcionar 5v por el pin 19 del conector JTAG, si se activa desde Jflash o manualmente desde linea de comandos con Jlink command. Igual lo hago así, ahora tengo 5 pines para programar la placa (GND, +3v3, Reloj, Datos y Reset), puedo añadir un sexto pin para alimentar con 5v que pasen luego por el regulador de 3.3v que tengo en la placa.
Aunque trabajar con el clon chino es más ventajoso, ya han sacado incluso un clon del Jlink V9, también muy barato, voy a ver si consigo uno por Aliexpress.