¿ Errores, conectar 4 hilos ??, para eso ni siquiera hace falta ser inteligente, con que sean seres humanos capaces de atarse los cordones de los zapatos, es suficiente.
Ahora, si tienen contratados a cabreros, es otra cosa, pero si es así, peor me lo pones, porque tampoco tendrán ni idea de manejar un ordenador, para desde software seleccionar la placa. Es una contradicción, pensar que alguien es incapaz de conectar 4 hilos, y si va a ser capaz de manejar un ordenador. O son unos burros para todo, o son seres normales para todo.
Y si planeta, teniendo un conector de 40 pines no me extraña que alguien conecte el pin del lado, tampoco conoces cual es el destinatario de esta PCB, ya que no se lo dijeron a la persona que se lo encargaron, seleccionar una opcion de una lista, es MUCHO mas simple que conectar cablecitos, cualquier persona puede usar una PC. Si lo piensan hacer para ellos, entonces van a seguir a cablecitos. Y no necesitamos hablar mas, ya que seria un solo micro con USB y nada mas.
¿ Todo eso, con un presupuesto que no supere los 10€ por placa ?. 
Pensandolo mejor no, en realidad FPGA hay desde los 2.8 dolares en digikey por unidad, teniendo unos de 5.7 dolares mejores FPGA con 65K RAM 1000LE y 160LABs.
La PCB seria pequeña, con tecnologia TQFP por lo cual no deberias tener una tecnologia costosa para crearla. Ya que routearias los pines a pines disponibles y luego que dentro de la FPGA se encargue de todo.
El problema es la interfaz. Ya que la FPGA tiene un voltaje de 1.2V o 3.3V en algunas un poquito mas caras.
Y finalmente como te decia, no se que cantidad de LAB/LE van a consumir generar todos esos multiplexores/SPI/USB. Si es posible con esta FPGA o deba irse a una mucho mas grande, aumentando el costo.
Una FPGA con un micro no esta en la discusion ya que son mucho mas caros.
La otra es usar un micro con USB + un SPI en hardware. Y luego de alli multiplexarlo como dijimos, cada multiplexor 8:1 (MC74HC151A) son 0.37 dolares ( por unidad ), o sea 1.85 dolares por entrada, hay multiplexores 16:1 pero son mas caros, y encima tenes las salidas (MC74HC238A ), las cuales estan casi al mismo precio, ya con las 2 entradas y 2 salidas ya tenes casi 8 dolares (Suponete 7 dolares por comprar de a 20 o mas). Y encima necesitarias una PCB mucho mayor area, con mas cantidad de vias por el routeado de esos 40 a todos lados, etc. Esta opcion permite un cambio de tension distinto del FPGA que se complica mucho mas realizarlo.
Y finalmente la opcion mas barata que es la que planteas vos. Y que simplemente es usar un micro + cables, pero te digo que si esto es para algun consumidor, no es muy lindo que la persona deba estar contando pines uno por uno para conectar los 4 cables. Y si yo te ofresco la opcion de 6 dolares y vos tenes que conectar los cables uno por uno, y te ofresco otra opcion que sale 15 dolares donde conectas y te olvidas, creo que vas a tener mayor demanda la de 15 dolares que la de 6. La de 6 la va a comprar el pobre que arregla 1 placa con suerte. Pero el que trabaja con esas placas simplemente quiere perder el menor tiempo posible, entonces no se va a poner a buscar que pines en esa placa eran los del SPI, luego buscar el manual de cual era cada cablecito y finalmente ponerse a contar sobre el conector o tratar de recordar como se enumeran los pines sobre ese conector.
En fin.. el problema aca es que no sabemos que grado de comodidad pretende. Todas las opciones de tratar de poder configurar los 40 pines de forma automatica superan los 10€ facilmente. Y si no tiene que ir a la placa esa que comentas. Pero para eso directamente siguen con su Arduino y con sus cablecitos.
