Hola micro_pepe, el primer gran error y casi seguro causa del problema, es que ese driver es para motores de PASO y no para un BLDC.
Cual es la gran diferencia, pues que para controlar adecuadamente un motor BLDC, necesitar que cada puente H sea independiente, y ahí tienes uno principal, un "esclavo" del principal y uno independiente.
En un motor BLDC, en todo momento, hay una o dos bobinas conectadas a GND/Vcc y la/las restante a la polaridad opuesta. Cosa que no puedes lograr con un solo driver de motor paso a paso. Claro está, a menos que uses 2 circuitos integrados SN754410. (Medio integrado para cada bobina y sobra medio integrado)
Por otro lado, recuerda que en este tipo de motores, si no usas sensado de corriente o sensores HALL, debes de ir incrementando/decrementando la velocidad de los pulsos paulatinamente, de lo contrario el rotor "perdaría" la sincronizidad con el campo magnético.
Un saludo.
Atte. CARLOS.