Ya está arreglado, el cliente en su programa estaba poniendo un retardo de 25ms entre paquetes, para procesarlos, y por eso no cazaba muchos de los paquetes que le envía mi placa.
Le he puesto en mi programa, el mismo retardo de 25ms entre paquetes, para enviarlos, y ya le va bien eso. Ahora tengo otro problema, pero este es de DMA, este si que me tiene mico total, porque es un tema que apenas empiezo a conocer.