O sea... Voy a divagar un poco porque no lo se a ciencia cierta. Tampoco hay mucho donde tomar informacion o al menos mientras busque no encontre, y por ultimo ver que Microchip ofrece las mismas 2 versiones como validas para una escritura correcta hace que piense que no hay problema.
El inicio de la escritura ya se hizo y con las interrupciones desactivadas, de alli en adelante el modulo se encarga de generar la tension alta para el borrado, escritura, etc, el nucleo queda en otro plano ya que el que trabaja es el modulo.. por ser una EEPROM debe actuar charge-pump para generar la tension para el borrado, lo que si pienso es que ese charge-pump es uno solo para la flash y el EEPROM, asi que, para mi, el unico caso en que afectaria la escritura a mi parecer es que quieras grabar la Flash luego de haber iniciado la EEPROM, pero segun el PIC que trabajes, esto se realiza con el mismo modulo de la EEPROM. Asi que solo tener ese recaudo y uno mas que nombro mas adelante.
Lo demas no deberia afectar en nada (interrupcion,etc) lo que si vas a tener que tener cuidado es que si iniciaste una escritura, no vas a poder leer la EEPROM hasta que termine la escritura. Es decir deberias tener esa otra precaucion. Como la EEPROM se usa para mantener valores dentro de todos fijos, la idea de leerlos cuando inicia el micro para llevarlo a variables en la RAM, actualizarlo si es necesario durante el programa tanto la RAM como la EEPROM. Ese manejo haria que no sea necesario tantos recaudos, ya que trabajarias siempre con los datos de la RAM (no tenes que leer constantemente la EEPROM).