Verifica que sea correctamente 48Mhz.
Para 48Mhz, con preescaler 1:1 necesitas aproximadamente 3000 pulsos para 250us, es decir necesitas cargarle 62536 al timer.
Pero vos decis que con el doble (6000 pulsos) obtenes 910us lo cual esta bastante lejos de los 500us que te deberia dar, revisa correctamente el reloj seteado ( al hacer doble click en el PIC diga 48Mhz)