Hola, resumiendo sobre la teoría de funcionamiento de un transistor BJT, cómo el que expones. Para lograr la conducción(saturación), debe haber una diferencia de potencial entre base-emisor de 0.7V, sino alcanzas ese valor, el transistor trabajará en zona lineal y puede ser perjudicial por la potencia que podría disipar.
Así que no te preocupes, que tensión tiene que gobernar, mientras no sea superior a la máxima que soporta claro!
Por otro lado, si va a trabajar con PWM, el diodo que has puesto así, terminará fritandose!
Se utiliza una red resistencia-condensador y un diodo, cómo amortiguador de picos inversos, cómo los utilizados en fuentes conmutadas.