El problema es que todo es hackeable, por mucho que te lo curres, pero bueno, al menos lo puedes poner un poco más difícil, para no que lo pueda copiar cualquiera.
Puedes leer el número de serie único de la CPU, y crear un sistema de licencias, incluso puedes hacer una fórmula que mezcle los números de serie de varios dispositivos, CPU, SD, MAC del módulo WIFI, Pendrive USB...
Otra forma, es añadir un pequeño microcontrolador que se comunique por puerto serie con el Raspberry, de manera que intercambien códigos generados al azar por el RPY, que debe de responder el microcontrolador con el correspondiente contracódigo, todo encriptado con XTEA o algo similar. Creo que el RPY tiene un generador de números aleatorios real (TRNG), con una semilla basada en algún componente que genera ruido.